Thomas James Merton nasceu no dia 31 de janeiro de 1915, em Prades, na França. Seu pai, Owen Heathcote Grierson Merton (1887-1931) era artista plástico, pintor, neozelandês de nascimento. Sua mãe, Ruth Calvert Jenkins Merton (1887-1921), que também pintava, era americana, do Estado de Ohio. Era o mais velho de dois meninos (John Paul Merton, nascido em 1918, morreu em 1943 durante a Segunda Guerra Mundial, num combate aéreo sobre o Canal da Mancha). Embora o pai de Thomas frequentasse a igreja muito raramente e sua mãe só de vez em quando participasse de reuniões dos Quakers, foi ele batizado na igreja anglicana, sem que isso tivesse muitas consequências para sua educação.